Игра Alpha Protocol еще не вышла, а Sega уже строит планы и генерирует идеи для сиквела. Константин Ханцопулос (Constantine Hantzopoulos) из Sega сказал: «Прямо сейчас в студии сидят люди и играют в Alpha Protocol, генерируя идеи для основного концепта Alpha Protocol 2». Кроме того, он упомянул, что первая часть игры уже готова, так что оставшееся до релиза время будет потрачено на отладку и устранение ошибок.